БНМАУ-ын Засгийн газрын 1940 оны 12 сарын 6-ны өдрийн 45-р тогтоолоор улсын их сургууль байгуулахаар шийдвэрлэсэн байна. Тус тогтоолд:“Манай улс цаашид нийгэм журамд шилжин орохын тулд хөрөнгөтний бус замаар хөгжин, түүний ардын аж ахуй, соёл боловсролыг онц дэлгэрүүлж байгаа явдал багш, эмч, зоотехникч, инженер зэргийн дээд мэргэжилтэй өөрийн үндэсний боловсон хүчнүүдийг бэлтгэн төрүүлэх тухай шаардмой” хэмээгээд улсын их сургуулийг зоотехник, багш, хүний эмчийн гурван салбартайгаар Ардын гэгээрүүлэх яамны харьяанд байгуулахаар тогтжээ. Их сургуулийн хичээлийг 1941 онд эхлүүлэхээр төлөвлөж байсан боловч хугацаандаа амжаагүй ба энэ нь тухайн үедээ элсэлт бүрдээгүй, элссэн сурагчид нь мэдлэг боловсрол дорой, сургуулийн барилгын асуудал зэргээс шалтгаалж байжээ. Иймээс 1940 онд их сургуулийн бэлтгэл курсийг 17 хүний бүрэлдэхүүнтэй оройн ангиар нээсэн ба 1941 онд уг курсыг их сургуулийн бэлтгэл тасаг болгон өргөжүүлж сурагчдын тоог 90 хүнээр тогтоон өдрөөр хичээллэсэн түүхтэй. Энэ цаг үеэс Монгол улсад дээд боловсролтой үндэсний сэхээтнүүдийг бэлтгэх эхлэл тавигджээ. 

БНМАУ-ын Ардын гэгээрүүлэх яамны сайд Машлай 1942 оны 3 сарын 3-ний өдрийн 37 тоот тушаалдаа “Улсын дээд сургуулийн бэлтгэл тасгийг энэ 3 дугаар сарын 3-ны өдөр нээн хичээлийг эхлүүлсүгэй. Энэ өдрийг тус сургуулийн түүхт өдөр болгон дурссугай” хэмээсэн нь МУИС-ийн байгуулагдсан өдөр болж түүхэнд үлджээ. Тухайн үед Улсын их сургуулийг “Зоотехник”, “Багш”, “Хүний эмч”-ийн гэсэн гурван салбартайгаар байгуулсан нь Монгол улсад дээд боловсролын сургалтын байгууллага үүсэн хөгжих эхлэл тавигдсан байна. Улсын их сургуулийн анхны гурван факультетийн нэг болох “ЗООТЕХНИКИЙН ФАКУЛЬТЕТ” нь өнөөгийн ХААИС-ийн "МАЛ АЖ АХУЙ БИОТЕХНОЛОГИЙН СУРГУУЛЬ"-ийн түүхэн замналын эхлэл байсан юм. 

Монгол улсад дээд боловсролтой Мал зүйчдийг бэлтгэх ажлын чухал хэсэг болох сургалтын төлөвлөгөө, хичээлийн хөтөлбөрийг шинээр боловсруулж мөрдөх, факультет тэнхимийг цогцлон байгуулах зэрэг ажилд нэн чухал үүрэг гүйцэтгэн 1942 оны 10 сарын 4-ний өдөр Зоотехникч мэргэжлийн сургалтын анхны төлөвлөгөөг баталж, маргааш нь буюу 10 сарын 5-ны өдөр анхны хичээлийг эхлүүлсэн түүхтэй. Тухайн үед Зоотехникийн факультет нь Мал аж ахуйн тэнхимтэй үүсгэн байгуулагдсан бол 1943 онд Малын тэжээллэг, хадлан бэлчээрийн тэнхим, 1944 онд Генетик үржүүлгийн тэнхимүүдийг шинээр байгуулан ажилласан түүхтэй.